COVID-19: comment naissent les variants?

Parmi les nouveaux cas de Covid-19, le taux de positivité à des variants sur les 7 derniers jours se situe à 67,5% au Québec, en date du 4 août, selon l’Institut national de santé publique du Québec (INSPQ). Le taux de positivité aux variants était de 13% en février. Les variants ont aussi supplanté la souche initiale du SRAS-CoV-2 dans de nombreuses zones géographiques du monde. Mais comment est-on arrivé à ces variants ?

L’être humain détient son matériel génétique dans son acide désoxyribonucléique (ADN) alors que celui du coronavirus est inscrit dans son acide ribonucléique (ARN). Or, «le fait d’être constitué d’ARN fait en sorte qu’ils sont plus sujets aux mutations», précise l’expert en virologie du Département des sciences biologiques de l’UQAM, Benoît Barbeau. 

Pour pouvoir se développer et se multiplier, un virus doit infecter un hôte. Les protéines de pointe (spike) qui entourent les coronavirus permettent de pénétrer des cellules hôtes et d’entraîner l’infection. Une fois infectée, la protéine produit des copies de l’ARN et transmet le matériel génétique du virus aux cellules de l’hôte. «Les cellules de l’hôte deviennent comme des usines de production au virus», explique M.Barbeau.

Pour un virus, la mutation est une étape cruciale à sa survie.

«Si les virus mutent, c’est parce qu’ils peuvent s’adapter et changer en très peu de temps.»

Benoît Barbeau, expert en virologie du Département des sciences biologiques de l’UQAM 

À mesure que le virus se duplique, des modifications aléatoires du code génétique peuvent survenir, car les copies effectuées sont imparfaites: c’est la mutation.

«Lorsque sa progéniture va être produite suite à une infection, il y a une certaine quantité qui va contenir des changements aléatoires dans son bagage génétique. Cela va diversifier le virus.»

Benoît Barbeau, expert en virologie du Département des sciences biologiques de l’UQAM

À noter que le SRAS-CoV-2 a une capacité de corriger ses erreurs de duplication plus grande que d’autres coronavirus.

Les mutations aléatoires peuvent ne pas avoir d’incidence, mais certaines mutations «améliorent» le virus et créent des variants. Ceux-ci voient leur matériel génétique changer par rapport au virus initial et peuvent devenir plus transmissibles ou plus infectieux. 

«C’est un peu comme un processus d’évolution accéléré. Le virus essaie de se diversifier de sorte que dès qu’il va réinfecter un hôte, il peut devenir moins infectieux, mais une autre mutation peut le rendre plus infectieux, plus performant ou même dans le cas de cette pandémie pouvoir infecter une autre espèce», souligne M.Barbeau.

En d’autres termes, plus les virus mutent, plus ils se donnent les moyens de s’adapter à un nouvel hôte inter-espèce ou d’évoluer vers plus «d’efficacité» (transmission, résistance, infection). «En étant le plus varié possible, le virus se donne des chances de propagation par rapport à des hôtes qui auraient développé une réponse immunitaire par exemple.»

Quels sont les variants du SRAS-CoV-2?

L’Organisation mondiale de la santé (OMS) a listé quatre variants dits «préoccupants ou à suivre». Leurs noms ont été changés par souci de facilité et dans le but de ne pas stigmatiser des groupes, selon l’origine géographique de la découverte. Les variants préoccupants ou à suivre sont listés sous les noms de variants alpha, bêta, gamma et delta. Ils sont préoccupants ou à suivre pour les raisons suivantes:

• ils augmentent la transmissibilité ou l’évolution préjudiciable de l’épidémiologie de la COVID‑19;
• ils augmentent la virulence ou modification du tableau clinique;
• ils diminuent l’efficacité des mesures de santé publique ou des outils de diagnostic, des vaccins et des traitements disponibles.

Au Québec, le variant prédominant est le variant alpha, et au Canada, c’est le Delta. Après une fin de semaine marquée par une augmentation des cas, surtout chez les jeunes, le Québec enregistre de nouveau une hausse des infections avec 175 nouveaux cas en 24 heures.